1983年参演个人首部电视剧《合理冲撞》，在剧中饰足球教练。

1985年参演个人首部电影《瀚海潮》，在片中饰石油勘察队副队长严建平。

1986年海政话剧团解散后，调入海军电视艺术中心，成为专职演员。

1990年主演电影《神秘失踪的船》，王庆祥首次担纲男一号，在片中饰有正义感的“海盗”方大雨。

1996年主演中国第一部反映股市发展变化和各阶层股民生活的电视剧《股市情潮》，在剧中饰机构操盘手吴仁。同年参演周晓文执导电影《秦颂》，与姜文、葛优、许晴等演员合作，在片中饰道貌岸然的秦朝大法官李斯。

1998年主演中国第一部展示海军高技术兵种现代化历史进程的军事题材剧《驱逐舰舰长》，在剧中饰108舰舰长严同山，该剧荣获第18届中国电视剧飞天奖中篇电视剧一等奖。同年参演电视剧《走过柳源》，在剧中饰刚正不阿的纪委书记方洪彦；该剧于1999年在中央电视台一套黄金时间播出，并荣获第19届中国电视剧飞天奖长篇电视剧一等奖。

1999年主演中国第一部展示人民海军潜艇部队战斗生活题材的军事题材剧《波涛汹涌》，在剧中饰海军潜艇基地少将司令员秦矢，该剧获第19届中国电视金鹰奖最佳长篇电视剧提名，他凭借此剧获观众最喜爱电视剧男演员奖提名。

2000年主演于本正执导主旋律廉政电影《生死抉择》，在片中饰演反腐倡廉的海州市市长李高成；该片刷新自1990年以来国产片票房新纪录，创造了全国放映1.165亿的超高票房和极大的社会影响力；王庆祥凭借此片荣获第7届中国电影华表奖优秀男演员奖、第24届大众电影百花奖最佳男演员奖。

2001年主演吴子牛执导古装历史剧《天下粮仓》，在剧中饰清代赈灾反贪的刑部尚书刘统勋，他凭借此剧获第22届中国电视剧飞天奖优秀男演员奖提名。

2002年主演中国第一部反映饮用水污染问题的电视剧《黑水》，在剧中饰富有道德感的正义律师莫华剑。

2005年参演人物传记电影《任长霞》，在片中饰任长霞的领导、郑州市公安局副局长郑刚；进组后第一天，王庆祥就走上郑州街头，向当地群众打听任长霞，了解任长霞在当地人心目中的地位；他也凭借此片获28届大众电影百花奖最佳男配角奖提名。

2006年参演刘和平编剧、张黎执导古装历史正剧《大明王朝1566》，与陈宝国、黄志忠、闫妮等演员合作，在剧中饰明朝嘉靖年间浙直总督胡宗宪；胡宗宪所在是明朝的纳税重地浙江江苏两地，他还肩负东南抗倭大业，同时因与严嵩的师徒关系，又被卷入朝廷的党争漩涡，王庆祥将胡宗宪的无奈和疲惫表现得非常生动。

2008参演军旅电视剧《旗舰》，在剧中饰严肃、不苟言笑的旧观念军人鲁淮成，王庆祥演绎的鲁淮成举手投足间充满了军人的硬朗和坚韧。

2013年参演王家卫执导的功夫电影《一代宗师》，与章子怡、张晋等演员合作，在片中饰民国武林宗师宫羽田；王庆祥成功演绎了成为武林的面子需要的宗师气魄，受到业界内外高度赞誉，导演王家卫在接受媒体专访时表示：《一代宗师》最大亮点是王庆祥；王庆祥凭借此片荣获第29届中国电影金鸡奖最佳男配角奖、第14届华语电影传媒大奖最佳男配角奖。同年主演刘和平编剧、孔笙执导近代历史正剧《北平无战事》，与陈宝国、刘烨、焦晃等演员合作，在剧中饰中央银行北平分行行长方步亭；王庆祥凭借剧获2014安徽卫视《国剧盛典》年度演技实力派演员奖。

2014年参演古装励志传奇剧《镖门》，与霍建华、倪大红等演员合作，在剧中饰太古镖局总镖头戴海臣。

2016年11月，参演电影《过山榜》。2017年参演电影《刺局》 。5月，参演电影《那条河》开机。

2019年1月，参演刘一志执导，黄子韬、易烊千玺主演的电视剧《艳势番之新青年》。

2019年，出演革命历史题材电视剧《掩不住的阳光》。