1988年，执导电视剧处女作《病毒·金牌·星期天》，冯小宁获得飞天奖最佳导演奖，该片获得最佳单本剧奖。

1990年，编导灾难片《大气层消失》，获得第11届中国电影金鸡奖导演特别奖。同年，执导战争片《战争子午线》，在描述战争时态孩子们的生活时采用传统的写实手法，揭示了战争与人性的关系，获得第11届中国电影金鸡奖导演特别奖。

1992年，拍摄历史剧《北洋水师》，该剧获得“飞天奖”最佳电视剧奖。同年，执导电影单本剧《大风警报》，该片获得飞天奖银奖。1993年，执导战争剧《大空战》。

1995年，冯小宁独自在大爆炸失火中抢救了一名孩子的生命而获得通令嘉奖。同年，获得广电部十大杰出青年称号。

1996年，执导以20世纪初的西藏为背景的剧情片《红河谷》，获得中国电影“华表奖”优秀故事片奖，冯小宁则获得优秀导演奖。

1998年，执导战争历史片《黄河绝恋》，该片获得华表奖、金鸡奖最佳影片、最佳特技奖。1999年，获得获第一届全国德艺双馨艺术家称号。

2001年4月，执导由富大龙、前田知惠、安娜·捷尼拉洛娃联袂主演的战争片《紫日》，该片获得第5届上海国际电影节金爵奖最佳影片、第21届中国电影金鸡奖最佳影片。

2002年8月，执导由鄂布斯、刘薇搭档主演的历史战争片《嘎达梅林》，该片获得华表奖、骏马奖最佳影片奖。2003年，获得中国政府颁发的“中国环境大使”称号。同年，执导由郭达、潘长江合作主演的喜剧片《举起手来！》。

2004年，拍摄改编自作家何建明报告文学的剧情片《信天游》。2006年，执导由胡军、剧雪搭档主演的古装历史片《朱元璋》。

2007年，执导由周里京、刘小微、鄂布斯联袂主演的剧情片《青藏线》，该片作为2007年国庆节以及庆祝“十七大”召开的献礼片。同年，获得获第二届全国德艺双馨艺术家称号。此外，获得获联合国环境署和中国政府颁发的“绿色中国”十大年度人物称号。

2008年，获得国家广电总局抗震救灾五一劳动奖章。10月，执导以中国浙江温州登陆的超级台风“桑美”为素材的灾难片《超强台风》，获得第21届东京国际电影节大奖提名。

2009年，执导由李东翰、张一山、蒋小涵联袂主演的运动片《篮球公园》。2010年，为庆祝抗战胜利65周年，执导由潘长江主演以抗战为背景的喜剧片《举起手来（之二）追击阿多丸》。

2012年，自编自导历史战争片《一八九四·甲午大海战》，该片由陆毅、夏雨合作主演，获得第15届上海国际电影节电影频道传媒大奖最佳影片奖。

2013年，冯小宁执导由李正、刘小微领衔主演的剧情片《落经山》。

2021年5月15日，执导的红色青春电影《永远是少年》全国公映。