1991年，与维多利亚·阿布来尔合作出演爱情片《高跟鞋》，这是他出演的个人首部电影，从而正式进入娱乐圈。

1992年，与毕格丝·卢娜合作出演由比格斯·鲁纳执导的爱情片《火腿，火腿》，哈维尔·巴登凭借该片获得第7届西班牙哥雅奖最佳男主角提名。

1997年，与里贝尔托·拉瓦尔合作主演由佩德罗·阿莫多瓦执导的爱情惊悚片《颤抖的欲望》，饰演在制止维克多犯罪时受伤的警察大卫，该片改编自英国作家鲁斯·伦道尔的犯罪小说。同年，与罗西·培瑞兹合作主演动作片《雌雄双辣》，在片中饰演到处杀人抢劫的小混混罗米欧，哈维尔·巴登凭借该片获得柏林电影节最佳欧洲演员奖。

2001年，哈维尔·巴登与约翰尼·德普合作主演根据古巴同性恋作家雷纳尔多·阿里纳斯出版的回忆录改编的剧情片《夜晚降临前》，在片中饰演了有着贫苦童年生活的雷纳尔多·阿里纳斯，哈维尔·巴登凭借该片获得第57届威尼斯电影节最佳男演员奖、第73届奥斯卡金像奖最佳男主角提名，成为第一个入围奥斯卡最佳男主角的西班牙人。

2002年，与胡安·迭戈·波托合作主演由约翰·马尔科维奇执导的惊悚片《楼上的舞者》，在片中饰演拉美某国的警官里加斯。2004年，与劳拉·杜纳丝合作主演根据雷蒙·桑佩德罗真实故事改编的剧情片《深海长眠》，饰演在一次意外中损伤了颈部的船上机械师雷蒙·桑佩德罗。2006年，与娜塔丽·波特曼合作主演传记片《戈雅之灵》，饰演高深莫测而且聪明过人的修道士洛伦佐。

2007年，与汤米·里·琼斯、伍迪·哈里森联合主演由科恩兄弟执导的犯罪片《老无所依》，饰演一个梳着规整的蘑菇头、拎着灭火器般新式武器的杀手，哈维尔·巴登凭借该片获得第80届奥斯卡金像奖最佳男配角。同年，主演改编自哥伦比亚作家加夫列尔·加西亚·马尔克斯同名小说的剧情片《霍乱时期的爱情》，在片中饰演当地的一个电报职员菲尔伦提诺·阿瑞扎。

2008年，与斯嘉丽·约翰逊、丽贝卡·豪尔联袂主演由伍迪·艾伦执导的爱情片《午夜巴塞罗那》，饰演一个在三个女人中间周旋的性感画家胡安。2009年，与克里斯蒂安·贝尔、克里斯·派恩合作主演动作犯罪片《杀死巴勃罗》，饰演靠自己创立哥伦比亚麦德林集团的巴勃罗·埃斯科瓦尔。

2010年8月，与朱莉娅·罗伯茨合作主演改编自伊丽莎白·吉尔伯特同名自传小说《一辈子做女孩》的爱情片《美食祈祷和恋爱》，饰演一位号称“女性主义好丈夫的”巴西宝石商人费利佩。12月，主演由亚利桑德罗·冈萨雷斯·伊纳里多执导的剧情片《美错》，饰演一个外表粗犷，内心善良的西班牙男人乌克鲍尔。

2012年，与丹尼尔·克雷格、朱迪·丹奇联袂出演由萨姆·门德斯执导的动作片《007：大破天幕杀机》，饰演变态、疯狂，又心思缜密、计划周详的前军情六处精英特工席尔瓦。同年，与瑞秋·麦克亚当斯、本·阿弗莱克联合主演爱情片《通往仙境》，饰演帮助别人来慰藉自己孤独的神父昆塔纳。

2013年，与迈克尔·法斯宾德合作主演犯罪片《黑金杀机》，饰演一位高调的夜总会老板Reiner。2014年，出演由加贝·伊班内兹执导的动作科幻片《机器纪元》。

2015年，与西恩·潘、杰丝敏·特丽卡联袂主演改编自畅销小说的动作犯罪片《使命召唤》，饰演泰利尔曾经的兄弟，安妮的丈夫菲力克斯。2016年，与查理兹·塞隆合作主演由西恩·潘执导的战争片《最后的模样》，饰演一位人道主义医生米格尔·莱昂博士，该片以饱经战火的非洲国家利比里亚为背景。

2017年5月26日，与约翰尼·德普、奥兰多·布鲁姆联袂出演的动作冒险片《加勒比海盗：死无对证》在美国上映，在片中饰演一直想干掉杰克船长的萨拉查。

2021年10月22日，与蒂莫西·柴勒梅德、丽贝卡·弗格森等主演的科幻电影《沙丘》在北美上映。

2023年5月26日，主演的迪士尼经典动画改编真人电影《小美人鱼》在北美上映，在片中饰演小美人鱼爱丽儿的父亲Triton国王。